Η Εθνική Κεντρική Αρχή Προμηθειών Υγείας (Ε.Κ.Α.Π.Υ.) διαρθρώνεται σε δύο (2) Γενικές Διευθύνσεις, οκτώ (8) Διευθύνσεις, είκοσι δύο (22) Τμήματα, δύο (2) αυτοτελή Τμήματα και τη Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου.
Ειδικότερα, η Ε.Κ.Α.Π.Υ. αποτελείται από:
α) Τη Γενική Διεύθυνση Σχεδιασμού και Συμβάσεων, η οποία διαρθρώνεται σε:
αα) Διεύθυνση Διαχείρισης Διαγωνιστικών Διαδικασιών, στην οποία υπάγονται τα ακόλουθα τμήματα:
i) Τμήμα Προγραμματισμού Προμηθειών,
ii) Τμήμα Διαγωνιστικών Διαδικασιών,
iii) Τμήμα Συμβάσεων Κεντρικής Υπηρεσίας και Φαρμάκου,
iv) Τμήμα Συμβάσεων Υλικών και Υπηρεσιών.
αβ) Διεύθυνση Διαχείρισης Έργων, στην οποία υπάγονται τα ακόλουθα Τμήματα:
i) Τμήμα Ευρωπαϊκών Προγραμμάτων,
ii) Τμήμα Συγχρηματοδοτούμενων Έργων.
αγ) Διεύθυνση Διαχείρισης Φαρμάκου, στην οποία υπάγονται τα ακόλουθα Τμήματα:
i) Τμήμα Παραγγελιοληψίας Φαρμάκων,
ii) Τμήμα Ελέγχου Παραστατικών Φαρμάκου.
αδ) Διεύθυνση Διαχείρισης Υλικών, Υπηρεσιών και Εφοδιαστικής Αλυσίδας, στην οποία υπάγονται τα ακόλουθα Τμήματα:
i) Τμήμα Παραγγελιοληψίας Υλικών και Υπηρεσιών,
ii) Τμήμα Ελέγχου Παραστατικών Υλικών και Υπηρεσιών,
iii) Τμήμα Διαχείρισης Αποθηκών, Διανομής και Παρακολούθησης Αποθεμάτων.
αε) Διεύθυνση Στρατηγικού Σχεδιασμού, στην οποία υπάγονται τα ακόλουθα Τμήματα:
i) Τμήμα Μητρώων,
ii) Τμήμα Τεχνικών Προδιαγραφών και Έρευνας Αγοράς,
iii) Τμήμα Βιοϊατρικής Τεχνολογίας και Εξοπλισμού.
β) Τη Γενική Διεύθυνση Οργάνωσης και Οικονομικών Υπηρεσιών, η οποία διαρθρώνεται σε:
βα) Διεύθυνση Διοικητικών Υπηρεσιών, στην οποία υπάγονται τα ακόλουθα Τμήματα:
i) Τμήμα Ανθρώπινου Δυναμικού,
ii) Τμήμα Γραμματείας και Διοικητικής Υποστήριξης.
ββ) Διεύθυνση Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης, στην οποία υπάγονται τα ακόλουθα Τμήματα:
i) Τμήμα Σχεδιασμού, Ανάπτυξης και Υποστήριξης Συστημάτων,
ii) Τμήμα Υποστήριξης Χρηστών και Υποδομών,
iii) Τμήμα Επεξεργασίας Δεδομένων και Ανάλυσης Στοιχείων.
βγ) Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών, στην οποία υπάγονται τα ακόλουθα Τμήματα:
i) Τμήμα Προϋπολογισμού και Πληρωμών,
ii) Τμήμα Ελέγχου και Εκκαθάρισης Μισθοδοσίας και Δαπανών,
iii) Τμήμα Υπολογισμού και Είσπραξης Εσόδων.
γ) Δύο (2) αυτοτελή Τμήματα, ως εξής:
γα) Τμήμα Γραμματείας Προέδρου και Διοικητικού Συμβουλίου,
γβ) Νομική Υπηρεσία.
δ) Τη Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου του ν. 4795/2021 (Α’ 62)